Classificazione delle specie di lievito

Ci sono 81 generi e 590 specie di lieviti, che si dividono in: ascomiceti, basidiomiceti e deuteromiceti.

Si possono classificare in base:

  • Alla morfologia: ci sono varie forme (ellisse, a forma di limone, cocchi).
  • Alla fisiologia: si utilizzano le gallerie API.
  • In base alla genetica: c’è il test genetico di interfertilità in cui si sfrutta il fatto che isolati di lievito possono dare origine ad un diploide solo se appartengono alla stessa specie.
  • Criteri molecolari: test di riassociazione DNA/DNA, PCR-RFLP.



La differenziazione intraspecifica dei lieviti è importante per:

  • Lo studio ecologico dei lieviti selvatici, presenti in una materia prima come il vino, responsabili della fermentazione spontanea.
  • La selezione dei ceppi spontanei che presentano le migliori attitudini fermentative.
  • L’impianto di lieviti selezionati utilizzati come inoculo.
  • I controlli di produzione e di commercializzazione.
  • L’allestimento di collezioni di lieviti selvatici o selezionati.

I criteri di identificazione sono:

  • Analisi elettroforetica delle glicoproteine intracellulari ed esocellulari.
  • Gascromatografia degli acidi grassi a lunga catena.
  • Polimorfismo del DNA mitocondriale.
  • Polimorfismo del DNA genomico.
  • DNA fingerprinting.
  • PCR associata alle sequenze delta.

Vediamo alcune di queste tecniche.

L’analisi del DNA mitocondriale

Il DNA mitocondriale di S. cerevisiae è molto polimorfo a seconda del ceppo e inoltre è molto stabile nel corso degli eventi replicativi.

Per estrarre il DNA mitocondriale ci sono due modi:

  • Digerisco la parete e faccio una lisi totale dei protoplasti. Poi si fa l’ultracentrifugazione in cloruro di cesio. E’ poco costosa, molto discriminante e piuttosto laboriosa.
  • Si fa la lisi cellulare e poi ci centrifuga prima a 1000g e poi a 15000g. A questo punto pellettano i mitocondri che poi vengono lisati.



Il DNA mitocondriale si analizza digerendolo con gli enzimi di restrizione.

L’analisi dei cariotipi

Si tratta del differenziamento dei ceppi in base alla ripartizione delle dimensioni dei cromosomi. In S. cerevisiae ci sono 16 cromosomi di 250-2500kb.

Per farlo si utilizza l’elettroforesi in campo pulsato.

DNA fingerprinting

Si tratta dell’analisi dei prodotti di restrizione del DNA genomica associata all’ibridazione con sonde specifiche.

Nei lieviti si valuta la presenza delle sequenze Ty, perché il numero e la localizzazione di questi elementi varia tra ceppi differenti.

Leggi i nostri appunti sulle sequenze Ty

PCR associata alle sequenze delta

Le sequenze delta di Ty possono ricombinare tra di loro, con la conseguente perdita della regione centrale epsilon e alla perdita di una sequenza delta. Ciò che rimane è un’unica sequenza delta.



Quindi nel genoma possiamo avere elementi Ty completi ma anche sequenze delta uniche.

Analizzando la distanza degli elementi delta possiamo capire se abbiamo a che fare con lo stesso ceppo oppure no. Per farlo si fa una PCR particolare in cui non si usano primer forward e reverse.

Libro di testo

Per lo studio della microbiologia applicata potete utilizzare o microbiologia medica, oppure sempre il Brock è un ottimo libro di testo.

 

Autore dell'articolo: Admin

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