Con le reazioni di Edman e Sanger è possibile trovare il primo amminoacido di una catena, quindi il residuo ammino terminale. Nei precedenti appunti abbiamo spiegato la differenza tra i due metodi, sottolineando il fatto che la reazione di Edman può essere utilizzata più volte in modo efficiente per sequenziare delle piccole catene polipeptidiche.
Utilizzo delle proteasi per trovare la sequenza di una proteina
Per trovare la sequenza lineare degli amminoacidi di una proteina è indispensabile tagliare la catena con delle proteasi, per ottenere dei piccoli frammenti da sequenziare con il PITC (il reattivo di Edman).
Alcune proteasi utilizzate sono:
- Tripsina: taglia dove è presente la lisina e l’arginina;
- Chimotripsina: rompe i legami peptidici in prossimità degli amminoacidi aromatici, quindi fenilalanina, triptofano e tirosina;
- Proteasi V8: rompe i legami peptidici dove sono presenti gli amminoacidi carichi negativamente, quindi aspartato e glutammato;
- Bromuro di cianogeno: a differenza degli altri non è un enzima e taglia dove è presente la metionina.
Per sequenziare le proteine si utilizzano più proteasi e poi, ovviamente, bisogna trovare la giusta sequenza di tutti i frammenti ottenuti e sequenziarli ad uno ad uno.
